El control microbiológico en los sistemas de producción de hidrocarburos constituye un factor crítico para garantizar la integridad de las instalaciones y equipos. Este estudio presenta un análisis comparativo de laboratorio orientado a evaluar el desempeño de diversas familias de biocidas (líticos, electrófilos y combinaciones) aplicados en yacimientos convencionales y no convencionales. Se evalúa específicamente la influencia de polímeros (como la poliacrilamida parcialmente hidrolizada - HPAM) usados en operaciones de fractura y estimulación terciaría, así como la salinidad y la temperatura en la persistencia y desempeño de activos como el glutaraldehído, THPS y compuestos de amonios cuaternarios. Mediante la cuantificación de ATP por bioluminiscencia (tecnología Lumiultra) conforme a la norma ASTM D7687-23, se determinó que los biocidas líticos y las mezclas sinérgicas presentan una mayor robustez operativa y estabilidad frente a la demanda química y la carga orgánica de sistemas complejos. En contraste, los biocidas electrófilos puros evidenciaron una eficiencia inconsistente condicionada por interacciones con la matriz acuosa. Se concluye que el mecanismo de acción es el factor determinante para la selección técnica de tratamientos tailor-made, permitiendo optimizar las estrategias de dosificación para un manejo eficiente y sustentable de tratamientos integrales en agua de producción.