Las mejoras en los métodos de detección y cuantificación de microorganismos en el agua, especialmente con la aplicación de técnicas derivadas de la biología molecular, han destacado las fallas de los "métodos estándar" de análisis de calidad microbiológica del agua, así como problemas dentro del ciclo acuático, relacionados con la introducción, crecimiento y metabolismo de los microorganismos. El conocimiento más profundo de la diversidad real de la comunidad microbiológia y su poder de transmitir información genética dentro de los sistemas acuáticos, es solo una muestra de los problemas que enfrentan los investigadores y los expertos que trabajan en el tema.